In jedem Entwicklungsstadium achtet der Wengerter sorgsam auf mögliche Krankheiten und den Befall mit Schädlingen. Droht Gefahr, kann auf überwiegend biologische Mittel zurückgegriffen werden. Und auf die Möglichkeit, Schädlinge an Rebe und Traube durch deren natürliche Feinde zu bekämpfen.
Zu den häufigsten Pilzkrankheiten im Weinberg gehört Rebenperonospora, auch „Falscher Mehltau“ genannt. Diese Pilzkrankheit lebt im Pflanzeninnern und breitet sich bei feuchtwarmer Witterung aus. Befallen werden die grünen Teile der Reben, es kommt zum Absterben der Blätter, Gescheine und Triebe sowie zu eingetrockneten Beeren (Lederbeeren).
Eine weitere Pilzkrankheit ist Oidium, welche die Reben von außen angreift. Bezeichnet wird Oidium auch als Echter Mehltau und Äscherich. Die Ausbreitung erfolgt bei trockener, warmer Witterung. Befallen werden auch hier die grünen Teile der Reben. Blätter vertrocknen, Beeren platzen auf, Schimmeltöne machen den Wein ungenießbar.